1935年中央红军与红四方面军会师后重组的中国工农红军总政治部，因张国焘分裂党和红军随张南下，中共中央率军委纵队及红一方面军主力到达陕北后，又成立了西北军委总政治部。这两个总政治部同时并存长达一年之久。
红军总政治部的组建及演变。1935年6月中央红军和红四方面军在懋功会师时，由于张国焘向党争权，党中央为有利于团结，于7月18日任命张国焘为红军总政治委员，并任命秦邦宪为红军总政治部主任。从7月起，在毛儿盖地区总政治部改以四方面军政治部组成，原一方面军的总政治部结束。此后，红军总政治部随被张国焘挟持的红军总部等南下川康边。
1935年10月5日，张国焘成立第二“中央”、“中央军委”等，公开打出反党旗帜。张国焘不顾党中央命令，取消了红四方面军的名义，在红军总部下保留了前敌指挥部但未设立前敌政治部。当时的红军总政治部实际上兼红四方面军政治部。1936年4月初，张国焘被迫表示准备率军北上，在甘孜地区对部队进行了整编。重新恢复了红四方面军番号，健全了红四方面军总指挥部。开始重新组建红四方面军政治部，主任周纯全，副主任李卓然。同时仍然保留着“中国抗日红军总政治部”组织。主任仍由陈昌浩兼任，副主任李卓然。6月6日，张国焘被迫取消了他的第二“中央”。不久红二、六军团长征到达甘孜与红四方面军会师。7月初，红二、四方面军挥师北上。
1936年10月10日，红军第一、二、四方面军在甘肃会宁会师。10月12日，徐向前、陈昌浩、李卓然致电毛泽东、周恩来、彭德怀、杨尚昆并转一方面军全体同志，表明红四方面军领导人承认随党中央在一起以杨尚昆为主任的军委总政治部的领导。从此没再用“红军总政治部”的名义。
军委总政治部的成立与演变。1935年8月5日党中央毛儿盖、沙窝政治局会议决定，8月8日正式恢复红一方面军总部，任周恩来为司令员兼政治委员。同时成立方面军政治部。8月19日党中央召开常委会议，讨论中央常委分工，决定“毛泽东负责军事”“王稼祥负责政治部工作”。这种分工是党中央针对张国焘争夺兵权采取的必要的组织措施，以加强党中央对红军的最高的统一领导。
1935年9月12日，党中央决定将红一、三军团与军委纵队编为中国工农红军陕甘支队，暂时取消红一方面军番号。将方面军政治部改称陕甘支队政治部。1935年11月3日，党中央决定“恢复红一方面军番号，彭德怀任司令员，毛泽东任政治委员”。11月8日军委任命各部局领导人，军委政治部主任王稼祥，副主任杨尚昆。
1936年5月18日，党中央、军委发布西征战役计划，决定以红一方面军组成西方野战军，任命彭德怀为司令员兼政治委员。由军委政治部兼中国人民红军抗日先锋军总政治部大部人员组成西方野战军(仍兼红一方面军)政治部随军西征。5月下旬，由军委政治部兼中国人民红军抗日先锋军总政治部少数人员与军委后方政治部合并，成立了军委总政治部，随党中央及军委留在后方瓦窑堡，后移驻保安。
1936年9月21日，党中央及军委致电朱德、张国焘、任弼时等提出“以六人组织军委主席团，指挥三个方面军”，即毛泽东、彭德怀、王稼祥、朱德、张国焘、陈昌浩为主席团成员，对此张国焘未表异议。10月10日红一、二、四方面军在会宁胜利会师。10月12日，红四方面军领导人致电“党中央及总政”领导人，明确表示承认军委总政治部对全军政治工作的统一领导。