第二，政府相关配套设施与高校智库的发展不协调，对后者的进入门槛限制较严。依据政府相关规定，建立高校智库必须满足某些要求，如严格的登记制度，即高校智库须找到愿意让其挂靠并对其负一定责任的组织。若依托组织为工商行政部门，高校智库则要采取“企业式管理”，这不仅意味着无法接受无偿资助，只能自力更生，且部分智库建设资金还要用于缴纳税款。严格的准入门槛一定程度上限制了高校智库在我国的发展。
第三，高校智库的评价体系不够健全，政府占据比例过大。从目前来看，对高校智库的科研评价主要是由政府的行政机构主导，外部评价机构很难介入，这样的评价在实践过程中难免会出现“马太效应”。考核评价机制的不健全不仅影响高校智库进行科学研究的积极性、创新和发展的能力，还可能影响研究成果的科学性、客观性。
第四，高校智库的定位不准确，服务意识不强。目前，我国的高校智库普遍缺乏智库功能，多以学术研究作为其主要功能，缺乏为政府提供决策服务的意识。大多数高校智库从研究视域、研究思路、研究方法到研究成果都是学术型，而非咨政建议型。高校智库所要研究的问题都是涉及社会经济多方面的综合性和复杂性的战略性问题和政策性问题，仅从学术研究的角度研究这方面的问题，形成的研究成果多“理论性”十足、“应用性”不强，这是多数高校智库没有服务政府决策的意义和应用价值的重要原因。此外，由于高校智库自身丰富的学科和人才资源，基础性研究与长期性研究才是其优势所在。但考虑到长期性研究的投入与回报的周期较长，很多高校智库的研究项目和政策咨询多是中短期发展问题，而非其擅长的长期性项目，自然难以对问题形成自身独特的见解与建议，也难以对政府战略的发展起到推动作用。
若干建议
高水平的决策服务是智库最基本的功能，科学研究则是政府最需要解决的问题。因此，只要高校智库与政府的关系能在最大程度上促成这两个目标的实现，二者之间的关系就是健康的，具体可从以下五个方面着手。
第一，畅通智库与政府的联系沟通，探索建立中国特色的“旋转门”机制。首先，政府要正确对待高校智库无法获取政府内部资料这一现状，并给予适度的援助。如二者可以采取信息通报会、选题征集函、专家咨询报告、学术研讨沙龙、共同实地调研、数据在线共享等形式定期开展合作研究，搭建互联互通的信息共享平台，畅通信息获取及反馈渠道，形成政库之间“交互协作式”的立体沟通、交流和共享机制。另外，可借鉴国外先进经验，通过“旋转门”机制组织政府中的卸任人员进入高校智库任职、高校智库的研究人员担任政府职员。
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