新疆伊斯兰教经学院是经国务院和自治区人民政府批准建立的我区唯一的一所宗教高等院校，同时也是全国唯一用本地少数民族语言（维吾尔语）授课的伊斯兰教经学院。学院1983年动工筹建，1987年6月竣工开学，占地面积43亩，建筑面积17800平方米，总投资1700万元人民币。学院是自治区民委（宗教局）下辖的二级局事业单位，有教职工编制58名（其中14名参照公务员管理），办学规模160人。