从长远来看，高校智库若想在智库热背景下健康发展，必须明确以下三方面的问题。
第一，高校内部的智库要弄清楚自身的比较优势是什么，在此基础上明确自身功能定位。一般来讲，由于高校在政府部门之外，了解到的信息有限，其所提供的研究与政府部门的需求之间有较大差距，因此对策性研究并不是高校的长处。而高校在学科基础、国际联系、基础性和应用性政策研究方面则更有优势。
第二，如何保障出高质量的研究成果，对政策产生影响？这就需要明确高校内的智库的具体运行模式。这里涉及到人才、经费来源、研究成果的传播途径等。
关于人才，高校，尤其是著名大学，有很多著名学者，这是高校很重要的智力基础。高校是人才流动、思想交汇的场所。说到底思想库或智库，就是需要智力和思想不断碰撞交流，高校在这一点上有得天独厚的优势。
关于经费，目前我国对政策研究尚未有完善的资助机制，在一些情况下，政府没有足够的经费来支持专业智库做较为重要的政策研究。而在高校的主业是培养人及做基础研究，所以高校已经承担了做政策研究所需要的很多基本投入（如图书资料，基本办公设施等等），也就是说学校已经把很多固定成本覆盖了。这样，相对于其它智库来说，高校在经费方面也有一定的优势。
关于研究成果的传播模式，实际上许多政策研究成果可以通过公开渠道去影响社会各个方面，最终影响决策。但在一些特定情况下许多政策研究涉及敏感课题和分析，这种情况下与决策部门的直接沟通渠道比公共渠道更有效。所以一个机构内部是否具备这种渠道以实现有效的政策沟通很重要。
以清华大学公共管理学院为例，学院是清华大学很多重要智库的机构平台，其中包括清华大学国情研究院、清华大学中国农村研究院、中国科技政策研究中心、中国发展规划研究中心、中国工程科技战略发展研究院等。这些智库有不少都是与相关的部委，如科技部和发改委等联合成立的。这种合作共建的模式可以保证其研究成果能够比较畅通地向决策者传递。
第三，涉及到治理结构。高校里的智库在组织架构安排上是否具有独立于智库运行之外的机构，例如理事会，来监督智库的运行，评估其绩效，保障其质量，并根据社会环境的变化为智库的战略发展提供咨询建议。在中国，相当一部分智库都有这样的理事会，但是并没有真正发挥其应有的作用。要保证这样的机制对高校智库的治理发挥作用，很重要的一点在于高校内智库的领导者是否真正认为这个机制很重要，愿意推动其发挥作用。
完善智库治理结构 建立公开透明机制
中国经济时报： 你对官方智库、高校内的智库以及民间智库建设有哪些建议？
薛澜： 根据当前中国智库发展的现状，可以从以下几个方面入手：
首先，可以对挂靠在政府部门下的事业单位性质的政策研究机构加以改革。这些机构隶属于政府部门，相对来说难以独立于这些部门利益进行选题和研究，或者当其研究的观点与所属部门领导的意见相左时容易受到压制。此外，这些事业单位大都由于政府拨款有限，日常运行面临经费短缺的困难。于是它们一方面在行政体制之内运行，另一方面不得不采取市场化的方式来承接一些咨询项目等，这种做法实际上削弱了这些机构对重大政策问题的研究能力。对这些机构的改革可以通过分流的方式进行，其中一部分可以纳入政府部门，加强政府内部政策研究能力。若干有条件有品牌的政策研究机构可以在运作上与政府脱钩，但政府保持对这类机构在一定的年限内提供部分财政支持，使其逐渐孵化成为相对独立的智库。
其次，可以对有条件的高校内的公共政策研究机构进行改造，鼓励它们借鉴国内外成功模式（如北京大学国家发展研究院，清华大学国情研究院，英国苏塞克斯大学的国际发展研究所），重新梳理与大学的关系，提高研究机构的自主性，争取社会各方资金捐助，形成依托大学的一流智库。
此外，经过二十多年的时间，中国的民间智库经历了风雨，也经历了成长。这些年的经验也使得一些大浪淘沙留下来的民间智库具备了高速发展的潜力和希望。可以通过对社会上的智库进行筛选和招标的方式，让这些优秀的民间智库涌现出来，对其给予免税和其它优惠条件的支持，鼓励它们形成特色，成为中国智库发展的生力军。
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