(三)都市农业发展有待进一步提质增效
北京市农业劳动生产率提高缓慢，部分年份甚至略有下降，农业与非农产业的劳动生产率差距呈现逐年扩大的趋势。农业的组织化、规模化和产业化经营水平不高。都市农业健康发展所必需的市场服务体系不完善，包括土地流转、金融支持、农产品流通、农业人才和风险防范等一系列的服务发育不足，造成都市农业产业化经营必须付出极高的运营成本。由于规范的土地流转制度和市场的缺乏，龙头企业在建立生产基地时，产生了一系列的土地矛盾。农业企业融资困难，由于缺乏金融支持，农业产业的抗风险能力很低。农产品流通的配套服务不够完善，获取市场信息的渠道非常单一，农产品专业市场空间分布不合理，配送和保鲜储藏能力弱，导致农产品中间流通环节的高成本。未能充分发挥首都科技与人才优势，农业科技和复合型创新人才较为缺乏。龙头企业是北京农业产业化和规模化经营的代表，但是与国外的农业企业相比，北京市农业龙头企业在农产品的精深加工和出口创汇方面仍然比较落后，规模相对较小。农业的自组织程度低，2007年以来，北京市农民专业合作社得到快速发展。但是，其中多数合作社还处于起步阶段，治理结构不合理、治理能力不强，规范化程度不高，规模小，布局分散，市场竞争力低下。而家庭农场依然是传统粗放式的生产经营方式，经营和管理方面与专业合作社、企业等相比差距较大，直接导致其产品在标准化等方面没有竞争力。
(四)城乡结合部多重矛盾交织，缺乏根本解决方案
处于城市与农村之间的城乡接合部，是新型城镇化建设的关键区域:一方面紧邻城市位置便利；另一方面生活成本较低是城乡结合部最大的优势。但伴随城市化的推进和流动人口的大量涌入，形成了”市民、村民、移民”的”新三元”结构，原本就是社会管理难点的城乡结合部，越发成为城市形态、社会结构和产业结构转型期多重矛盾交织的易燃地带，城市功能的完善、征地村民的补偿安置和流动人口的管理问题交织在一起，解决难度极大。
目前，北京市面向城乡结合部出台的诸多管理措施仍属于应急方案，比较被动，治标难治本，缺乏根本解决方案。疏解非首都功能的外在压力对城乡结合部治理的要求日益提高，迫切需要城乡结合部管理模式的体制机制创新。
(五)农村基层管理模式落后，依法行政困难
基层组织政经不分，影响集体经济发展；基层各部门权责不匹配，依法行政困难，乡镇承接的管理责任较多，但职权相当有限，大量管理权力仍属于各垂直管理部门。一些垂直管理部门“运动式、突击式”的执法方式成效不高，同时给基层部门依法行政造成困难；基层执法人员和经费不足，农村地区实际管理部门在人员编制和经费拨付方面与城市地区存在差距，往往以户籍人口而非常住人口为基数测算，在城乡结合部等人口结构复杂地区很容易出现管理漏洞和职能缺位。
(六)生态建设投入、补偿和管护缺乏城乡统筹
农村和农业的生态功能日益凸显，然而缺乏城乡一体化的生态文明建设机制，导致农村地区生态环境恶化，绿化推进缓慢。市财政对绿化拆迁腾退的资金投入不足，缺乏系统的规划设计和公共政策推动，绿化指标的制定没有充分考虑乡镇负担，实施中主要依靠行政命令，导致农村地区绿化任务实施水平低，规划的生态绿化用地被建设用地挤占，低端产业和违法建设取代了原有的绿地，造成各类环境和安全问题。农村地区绿化养护标准明显低于城市地区。如城市绿地养护标准一般为6.5元/平方米，此外还有设施维护费和水体保洁费，而农村地区的一绿地区养护补贴只有2元/平方米，二绿地区补偿期限暂定为10年，补偿标准0.75元/平方米，每三年递增3%，景观生态林养护费用为0.3元/平方米，一般生态林前5年养护费用相同，后5年仅为0.15元/平方米。另外，生态林补偿只针对集体生态林的管护员，既没有体现对全体生态林所有者的补偿，也没有体现“使用者付费”的原则，缺乏生态补偿的长效机制，难以体现对效果的有效激励。
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